مجلس إدارة المؤسسة هو ” المقر النهائي لإدارة واتخاذ القرار داخل المؤسسة”، حيث يصوت أعضاء مجلس الإدارة على استبدال أنفسهم. إن عملية تجديد العضوية بانتظام يحول دون خطر التحول إلى أن تكون المؤسسة “منعزلة وغير مستجيبة لاحتياجاتها واحتياجات الأعضاء”.
حدد النظام الأساسي للمؤسسة العربية للعلوم والتكنولوجيا عملية تجديد مجلس الإدارة بشكل دوري، حيث يعتمد نظام عضوية مجلس إدارة المؤسسة على استبدال ربع أعضاءه سنويا. تستمر مدة العضوية لمدة أربع سنوات، قابلة للتجديد لدورة تالية واحدة. ولتنظيم عملية الترشح واختيار الأعضاء الجدد تم وضع لائحة خاصة بالمجلس وتشكيل لجنة مركزية للإشراف على ترشيح أعضاء مجلس الإدارة الجدد.