مجلس الأمناء: هو الهيئة الإدارية العليا المسؤولة عن المبادرة، وتحقيق أغراضها.
الأمانة العامة: هي الجهة المسؤولة عن تنفيذ سياسات واستراتيجيات المبادرة، وإدارة أعمال المبادرة اليومية.
يرأس الأمانة العامة شخصية تسميها المؤسسة ويتم اعتماد اختيارها من مجلس الأمناء.
تتكون الأمانة العامة من: الأمين العام: وهو المسؤول عن إدارة وتنفيذ جميع أنشطة وبرامج المبادرة وإنهاء الأعمال اليومية ومتابعة إداراتها وأقسامها كافة.
الأمين المالي: يكون أحد أعضاء مجلس الأمناء، ويباشر مهامه في الإشراف والرقابة المالية – والتدقيق الداخلي على كافة أنشطة المبادرة المالية وعلى أداء الأمانة العامة المالية والمحاسبية، وذلك تحت أشراف مجلس الأمناء.
اللجنة الاستشارية: هي لجنة تعمل على تقديم التوجيه والمشورة لضمان تحقيق أهداف المبادرة بفعالية وشفافية. يرأسها شخصية تسميها المؤسسة العربية للعلوم والتكنولوجيا، ويتم اعتماد تسمية تلك الشخصية من قبل مجلس أمناء المبادرة.
تتكون اللجنة الاستشارية من خبراء ومختصين، في التعليم، والمالية، والمساعدات الإنسانية، ممثلون عن المؤسسات الدولية والجهات المانحة والمشاركة، ممثل من القطاع الخاص ورجال الأعمال